芥菜疙瘩的腌制方法可以根据个人口味进行调整，以下是其中一种常见的腌制方法：
1. 洗净芥菜疙瘩。将洗净的芥菜疙瘩一层一层铺在缸底（或者大铝盆、不锈钢桶等容器中），每铺一层撒一层盐，注意盐和芥菜的比例约为1:50（即每2.5至1千克芥菜约需0.75千克盐）。下面的芥菜疙瘩撒多一些盐，上面的撒少一些。
2. 加水。在加入盐的同时，需要加入滚烫的开水（生水不能用，因为含有大量的细菌），开水的目的是为了杀菌消毒。等到第二天加入一些凉水再搅拌一次。
3. 加重防水压。为了降低桶内的水分，需要加重防水压，有的人会用干净的河沙或者是洗干净碎石来进行压制是最好的办法，如果没有河沙和碎岩石最少也要用一块大石头压制。一般的腌制过程中需要将盖子封好，不能让空气跑进去，压结实后的头几天坛子里会出现部分气泡。如果有红色的水流出说明房子撒盐少了没有放均匀。
4. 完成腌制一周后，取出疙瘩进行二次加工。将其切成薄片或者是丁状增加菜肉的可达面积形成口感的修补，与肥瘦相间的生猪肉（比如五花肉）片炒制可以作为美味的下酒菜，此时不要把芥菜疙瘩完全切碎踩到汁水丢失，失去了腌制的风味。通过二次加工以后的芥菜疙瘩不仅口感好还香味十足。
需要注意的是，腌制过程中要保持工具的干净，不能沾生水和油脂等。此外，最好在腌制前将芥菜疙瘩晾晒一下，以减轻其辛辣味道。腌制过程中也要定期检查花椒水的状态和颜色是否需要调整以及把冒出的红叶及白色的气疤去掉放置在阳光或大风扇下退淡淋咸。另外制作方法要严格遵守食品安全规范以防止腐烂、菜品中毒等问题出现。
